在Windows server 2003推出不到两个月之后，微软就发布了安全补丁，以修补该产品中使恶意站点在服务器上运行破坏性代码的漏洞。 尽管安全专家甚至微软公司的一些内部人士都曾指出，这种最新的服务器OS只是微软大型Trustworthy Computing计划的第一次测试，但微软的代表仍表示，该漏洞并不意味着这次发行在安全实践方面的失败。该漏洞对server 2003造成的影响较小，因为它所依赖的服务可以通过Windows版本中的默认来关闭。 Windows server 2003是微软公开表示加强产品安全性能以确保其代码安全之后所发行的Windows的第一个重要版本。该操作系统曾一度延期三次推出，部分原因就是为了改善产品的安全性和可靠性。新漏洞对Internet Explorer 6造成了影响，该产品同Windows服务器以及其它一些微软的OS共同发行。6月4日发行的附加补丁对这些问题以及IE6中的其它漏洞进行了修补。 在产品发行不久就推出了安全补丁多少有点令人感到困窘，但独立安全研究人士表示，Windows server 2003的默认配置似乎更安全。